Режим содержания и контроля над спецпереселенцами в поселениях, их хозяйственным использованием, сформировавшийся под действием политики центральных властей, интересов ведомств, региональной администрации, представал перед ссыльнопоселенцем в виде местных органов управления, главным образом хозяйственных руководителей и представителей ОГПУ – комендантов спецпосёлков.
Вплоть до июня 1931 года делами спецпереселенцев на местах занимались областные исполнительные комитеты. При Уральском облисполкоме был создан комендантский отдел, при райисполкомах – комендантские отделения, при леспромхозах – участковые комендатуры, а на местах проживания спецпереселенцев – поселковые комендатуры. Учёт спецпереселенцев вёлся и в организациях-работодателях.
По Постановлению СНК СССР от 1 июля 1931 года административное управление, обустройство и использование спецпосёлков переходило под контроль ОГПУ, действовавшего уже имеющимися и новыми «орудиями»: поселковыми, участковыми и районными комендатурами, отделами по спецпереселенцам.
В апреле-октябре 1931 года Президиум Уралсовета утвердил Положение об обслуживании и управлении спецпереселенцами Уральской области, в котором определялась система управления спецпоселениями, права и обязанности комендантских отделов. Областному комендантскому отделу предоставлялись широкие полномочия. Он мог входить в областные директивные органы с проектами решения всех вопросов спецпереселенческих посёлков, совместно с хозяйственными организациями-работодателями разрабатывать планы развития производства и соцкультбыта, самостоятельно регулировать размещение посёлков и спецпереселенцев.
В местах расселения спецпереселенцев были созданы районные комендантские отделения, функционировавшие под контролем органов ОГПУ и райисполкомов. По данным за 1941 год в Ханты-Мансийском национальном округе функционировала одна окружная (в самом Ханты-Мансийске), пять районных комендатур (Берёзовская, Сургутская, Кондинская, Самаровская, Микояновская) и несколько десятков поселковых.
На 1 июля 1941 года под контролем комендатур находились 4782 семьи (18418 человек), в том числе:
- Берёзовский район – 429 семей / 1565 человек
- Кондинский район – 1780 семей / 6243 человека
- Сургутский район – 892 семьи / 3725 человек
- Самаровский район – 1709 семей / 6871 человек
- Микояновский район – 890 семей / 3472 человека
В условиях спецссылки, при почти рабском положении ссыльных, удалённости спецпосёлков не только от «большой земли», но и от административных центров районов выселения, такие широкие полномочия делали комендантов вершителями судеб людей. Очень многое зависело от личностных качеств каждого конкретного коменданта, его нравственных и психологических особенностей, и, к сожалению, произвол и насилие были неизбежными явлениями. Нередкими были случаи, когда ретивые коменданты допускали рукоприкладство по отношению как к взрослым, так и детям.
Воспоминания бывших ссыльных содержат факты жестокого обращения комендантов со спецконтингентом: насилие над женщинами, склонение к доносительству под угрозой морального и физического воздействия или ущемления и без того мизерных прав. В то же время вопрос о взаимоотношениях комендантов со спецпереселенцами более сложен, чем кажется на первый взгляд: наряду с фактами насилия, известны, пусть косвенные, факты сближения комендантов со спецпереселенцами.
Если в первые годы существования спецпоселений такие факты объявлялись вопиющим нарушением законности, а лица, допустившие подобное отношение, в лучшем случае, снимались с должности, то впоследствии имело место привлечение самих спецпереселенцев (например, калмыков – бывших сотрудников НКВД) к исполнению комендантских функций.
Для удобства управления все спецпереселенцы связывались круговой порукой, посёлок разбивался на участки, во главе которых ставились назначавшиеся комендантом участковые. Орудием контроля за спецнаселением была и агентурная сеть, создаваемая комендантами из числа самих ссыльнопоселенцев, а само доносительство поощрялось. Данные по Тюменской области свидетельствуют о наличии 384 осведомителей в октябре 1944 года и 853 осведомителей в начале 1945 года. Таким образом, в 1945 году один осведомитель приходился на 50 взрослых спецссыльных. Кроме того, использовалась и внедрённая агентура.
О роли местного населения в поддержании порядка в спецпосёлках стоит сказать особо. Ещё до прибытия спецпоселенцев местное население должным образом проходило «обработку»: сознательно создавался образ спецпереселенца – «врага народа», несущего реальную угрозу для спокойной жизни местного населения. Строго запрещались, как правило, всякие контакты колонистов с местными. Нарушители, как с той, так и с другой стороны, сурово наказывались. За порядком в отсутствие коменданта зорко следили завербованные помощники из местных и спецпереселенцев.
Коменданты имели право в любое время суток назначить проверку нахождения спецпоселенцев на месте. Неявка или даже малейшее опоздание на проверку считались серьёзным нарушением режима, влекущим и серьёзные наказания для нарушителя.
В качестве наказания для нарушителей установленного режима применялись предупреждение, перевод на более тяжёлые работы, высылка в более отдалённую местность, заключение в штрафную команду, денежные штрафы. Во многих спецпосёлках практиковалось помещение нарушителя на ночь в «холодную яму».
При комендантских отделах существовали штрафные команды, нормы выработки для которых повышались на 50 % и даже 100 % (!), рабочая неделя была семидневной, а заработная плата не выдавалась, расходуясь на питание штрафников. Штрафники лишались права свиданий, переписки, на пути к местам работы и обратно сопровождались конвоем.
Бегство из населённых пунктов, подведомственных комендатурам, не имело значительного размаха – всего 63 случая. Этому препятствовали не только природные условия, но и заинтересованность части местного населения в поимке беглецов. За каждого пойманного выдавалось единовременное вознаграждение в 30 рублей. Это в то время, когда цена одного килограмма хлеба была 16 копеек, а месячная зарплата фельдшера составляла 60 рублей.
Система комендантского надзора, будучи неотъемлемой частью спецссылки на протяжении всего существования последней, стала причиной множества сломанных, искалеченных судеб. Её жертвами стали не только те, кто в качестве спецпереселенца был привезён на берега Оби и Иртыша, но и те сотрудники органов, кто по долгу службы вынужден был осуществлять проведение репрессивной политики государства в отношении тысяч спецпереселенцев.